在我国，婚姻法规定，夫妻双方自愿离婚的，应当自双方达成离婚协议之日起三十日内，向婚姻登记机关申请离婚登记。而关于分居两年是否违法，以及如何合法离婚，以下将为您详细解答。
分居两年是否违法
分居本身不违法：根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，分居并不是违法的行为。夫妻双方因工作、学习、生活等原因，在一定期限内不能共同生活的，可以视为分居。
长期分居可能影响离婚判决：如果夫妻双方分居时间过长，法院在审理离婚案件时可能会考虑分居的原因、时间、对双方感情的影响等因素，从而对离婚案件的判决产生影响。
分居期间违法行为的认定：在分居期间，如果一方有重婚、有配偶者与他人同居、家庭暴力、虐待遗弃家庭成员等违法行为，另一方可以向法院提起诉讼，请求判决离婚。
如何合法离婚
协商离婚：夫妻双方自愿离婚的，可以签订离婚协议，明确双方在财产分割、子女抚养等方面的权利义务，然后共同到婚姻登记机关申请离婚登记。
诉讼离婚：如果夫妻双方无法协商一致，一方可以向法院提起离婚诉讼。在诉讼过程中，法院会根据双方的婚姻状况、子女抚养、财产分割等因素，依法作出判决。
诉讼离婚的具体步骤：
起诉：向有管辖权的人民法院提交离婚起诉状及相关证据。
法院受理：法院对起诉状进行审查，决定是否受理。
法院调解：法院在受理离婚案件后，会组织双方进行调解，争取达成和解。
判决：如果调解不成，法院将依法作出判决。
注意事项：
财产分割：离婚时，夫妻共同财产应当平均分割。对于子女抚养问题，法院会根据子女的年龄、双方的经济条件等因素，依法判决。
子女抚养：离婚后，父母对子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，子女由一方抚养的，另一方应当支付抚养费。
证据收集：在离婚诉讼中，双方应当提供相关证据，以证明自己的主张。
总之，分居两年并不违法，但长期分居可能影响离婚判决。离婚可以通过协商或诉讼的方式进行，具体方式根据双方情况而定。在离婚过程中，注意财产分割、子女抚养等问题，依法维护自己的合法权益。