在现实生活中，由于各种原因，可能会出现亲子鉴定时女方已故的情况。这种情况下，处理法律程序和亲子关系确认需要遵循一定的法律程序和规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律程序
收集相关证据：首先，需要收集与已故女方相关的证据，如死亡证明、婚姻证明等。
申请鉴定：向具有鉴定资质的机构提出申请，说明鉴定目的和已故女方的相关信息。
提交申请材料：提交申请时，需要提供以下材料：
- 已故女方的身份证明、婚姻证明等；
- 申请人的身份证明；
- 鉴定机构要求的其他材料。
鉴定机构受理：鉴定机构在收到申请后，将对材料进行审核，确认无误后受理鉴定。
鉴定过程：鉴定机构将根据申请人的要求，对已故女方的遗骸或其他相关样本进行鉴定。
出具鉴定报告：鉴定完成后，鉴定机构将出具鉴定报告，明确亲子关系。
法律程序：根据鉴定结果，申请人可依法向人民法院提起诉讼，要求确认亲子关系。
二、亲子关系确认
鉴定结果为亲子关系：如果鉴定结果为亲子关系，申请人可依据鉴定报告，向人民法院提起诉讼，要求确认亲子关系。
鉴定结果为非亲子关系：如果鉴定结果为非亲子关系，申请人可依法放弃追究亲子关系。
法律效力：亲子关系确认后，具有法律效力，可依法办理相关手续。
三、注意事项
鉴定机构选择：选择具有鉴定资质的机构进行鉴定，确保鉴定结果的准确性。
时间限制：根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，亲子关系确认的诉讼时效为两年。
费用问题：鉴定费用根据鉴定机构的规定和鉴定项目的不同而有所差异。
隐私保护：在处理亲子关系确认的过程中，应注意保护相关人员的隐私。
总之，在亲子鉴定女方已故的情况下，处理法律程序和亲子关系确认需要遵循一定的法律程序和规定。在处理过程中，应注意收集相关证据、选择合适的鉴定机构、依法办理相关手续，以确保亲子关系确认的顺利进行。